Haçlı tehlikesinin geçici de olsa bitmesiyle topraklarını genişletmeye başlayan Sultan Kılıç Arslan 1107 yılında Musul’u Büyük Selçuklu Devletinden almıştır ve burada Büyük Selçuklu hükümdarının adına okunan hutbeyi kendi adına okutmuştur. Bu Kutalmışoğulları ile Çağrı Bey’in soyundan devam etmiş Büyük Selçuklu hanedanı arasında Kutalmış Bey’den beri sürmekte olan aile içi çekişmenin bir diğer yansımasıdır. Bu hamlesiyle Büyük Selçuklu tahtı için adaylığını ilan eden Kılıç Arslan’a karşı Büyük Selçuklu devleti bir ordu göndermiş ve Habur Nehri yakınında gerçekleşen savaş sonucunda yenilen Kılıç Arslan atıyla kaçarken Habur Nehri’nde boğularak erken yaşta vefat etmiştir. Anadolu Selçuklu Devleti’nin otoritesi zayıflamış, kısmen kurulmuş Türk siyasi birliği bozulmuş ve bu durum Anadolu Selçuklularının fetret devrine girmesine neden olmuştur. Sultan I. Kılıç Arslan’ın ölümü sonrası devlet saltanat kavgalarıyla bir süre meşgul olmuştur. Sultanın ölümü üzerine Musul emiri olarak görev yapan oğlu Şahinşah, Büyük Selçuklu Devleti tarafından yakalanıp İran’a esir olarak götürülmesine rağmen daha sonra Anadolu’ya gelip 1100 yılında tahta geçmiştir. Şahinşah’ın 6 senelik iktidarında devlet I. Haçlı seferi sonucu elden çıkmış Batı Anadolu topraklarını almak için mücadele etmiştir. 1106 yılında Kılıç Arslan’ın diğer oğlu Mesud Danişmentli desteğiyle Şahinşah’ı tahttan indirip yay kirişiyle boğdurtmuş ve tahta oturmuştur. Sultan Mesud kardeşi Melik Arap’la olan taht mücadelesini kazanmıştır fakat ilk Haçlı seferi devleti çok zayıflatmıştır ve Anadolu’da Danişmentliler’in üstünlüğü oluşmuştur. Sultan Mesud Anadolu’da Malatya ve Sivas gibi önemli şehirleri Danişmentliler’den almış ve Anadolu’daki Türk birliğini güçlendirmiştir. Urfa Haçlı Prensliğinin 1144’te Büyük Selçukluların Halep Atabeyi Nureddin Mahmud Zengi tarafından fethedilmesi Avrupa’da I. Haçlı seferinde kazanılan toprakları korumak için ikinci bir sefer düzenlenmesi fikrini oluşturmuştur. Alman ve Fransa kralları önderliğinde büyük bir ordu toplanmıştır. Sultan Mesud Türk ve Müslüman devletlerden yardım isteyerek asker desteği almış ve kale ve şehirleri tahkim ettirmiştir. 1147 yılında Alman Haçlı ordusu Anadolu’ya ulaşmış ve 1097 yılında babası I. Kılıç Arslan’ın Haçlı ordusuna yenildiği Dorylaion (Eskişehir) yakınlarında Sultan Mesud saldırıya geçmiştir. Selçuklular’ın yıpratma faaliyetleri sayesinde Anadolu topraklarında uzun bir süredir su ve yiyecek sıkıntısı çekerek yıpranmış Haçlı ordusu sayıca üstün olmasına büyük bir bozguna uğratılarak büyük bir kısmı imha edilmiştir. Aynı yıl Selçuklu ordusu Balıkesir ve İzmir üzerinden Denizli’ye giren ve Torosları aşmaya çalışan Fransız Haçlı ordusunu baskına uğratıp yenilgiye uğratmış ve sonrasında Haçlı ordusunu Anadolu’dan çıkana kadar takip edip kontrolde tutmuştur. Sultan Mesud Güneydoğu Anadolu’da Haçlı işgalinde bulunan birçok şehri fethetmiş ve bu girişimler bölgedeki diğer Türk ve Müslüman liderleri cesaretlendirmiş ve daha fazla şehrin Haçlılar’dan kurtarılmasına vesile olmuştur. Sultan Mesud tahta çıktığında, Türkiye Selçuklu Devleti’nin toprakları sadece Konya ve çevresini kapsıyordu. O dönemde Danişmentliler Anadolu’yu kontrol ediyordu ve I. Haçlı Seferi’yle Bizans, Batı Anadolu’da büyük bir tehdit olmuştu. Bu dönemde Haçlılarla ve diğer Türk devletleriyle bitmek bilmeyen mücadeleler sürekli olarak toprak kayıpları ve kazançlarına sebep olmuş, bu istikrarsızlık göçebe Türkmen kitlelerin yerleşik hayata geçiş süreçlerini yavaşlatmıştır. Sultan Mesud, doğuda ve batıda devletin sınırlarını genişletmiş ve II. Haçlı seferini püskürterek oğlu II. Kılıç Arslan’a güçlü bir orduya sahip, zengin ve etkili bir devlet bırakmıştır. Haçlı seferleri sonucu Orta Doğu ve Levant’a yerleşen Hristiyanlar sayesinde Doğu ve Batı ticareti gelişmiş ve bu iki dünya arasında köprü olan Anadolu’da ticaret artmıştır.
 
Selçuklu tahtına 1155’te Sultan II. Kılıç Arslan geçmişti. II. Kılıçaslan döneminde Miryokefalon savaşı ve III. Haçlı Seferi gibi Anadolu Türk tarihi açısından iki çok önemli olay gerçekleşmiştir. 1176 yılında, Anadolu Selçuklu Devleti ve Bizans arasında Anadolu’nun kapılarını Türklere açan Malazgirt Savaşı’yla birçok yönden paralellik taşıyan Miryokefalon Savaşı vuku bulmuştur. Dönemin Selçuklu sultanı II. Kılıç Arslan Anadolu’da Türk birliğini büyük ölçüde sağlamış ve tüm dikkatini Bizans’a çevirerek Bizans uçlarına yapılan merkezi otoriteye tamamen bağlı olmayan Türkmen akınlarını teşvik etmiştir. Bu sırada iki devlet arasında 1162 yılından beri devam eden bir barış antlaşması vardı ve bu antlaşmaya göre Sultan Bizans’a elindeki bazı bölgeleri vermeyi kabul etmişti. Bu şarta uyulmaması iki devlet arasında gerilimi arttırmış ve İmparator Türkleri Anadolu’dan kesin olarak çıkartmak için barış antlaşmasını bozarak büyük bir ordu toplayarak tüm gücüyle Selçukluların üstüne yürümüştür. Bu orduya karşı Türk tarihinin en önemli savunmalarından birisi yapılmış ve daha önce Haçlı seferlerinde uygulanan “düşmanı meydanda karşılamaktan kaçınıp küçük kuvvetlerle ve ani baskınlarla yıpratma” stratejisi uygulanarak Bizans ordusu dağlık bölgelere çekilmiştir. Bizans ordusu dar bir dağ geçidinden geçerken Türk ordusu tarafından pusuya düşürülmüştür. Yüksek yamaçlardan vadi içine büyük bir ok saldırısı sonrası Bizans ordusu bu dar vadi içerisinde sıkışıp kalmıştır ve kesin Türk zaferi sonrası Anadolu’daki Türk varlığı ve Bizans’ın Türkleri Anadolu’dan atma hayalleri sona ermiştir.
 
II. Haçlı Seferinin başarısızlığı sonucu uzun bir süre yeni bir sefer düzenlenmemiştir ancak Kudüs’ün 1187’de Selahaddin Eyyubi tarafından fethi 1189’da yeni bir seferi tetiklemiştir. Sefere Alman imparatoru, Fransa Kralı ve İngiltere kralının bizzat katılması sebebiyle Kralların Haçlı Seferi ismi verilmiştir. Kutsal Roma Germen imparatoru Frederick Barbarossa ordusunu Anadolu üzerinden Levant’a geçirmek istemiştir. Dönemin sultanı II. Kılıçaslan, kalabalık Alman ordunun Anadolu topraklarından barış içerisinde geçme istediğini kabul etmiştir, ancak göçebe Türkmen kitleleri merkezi otoriteden bağımsız hareket ederek Haçlı ordusunu sürekli, hızlı ve kısa saldırılarla epey yıpratmışlardır ve bazı Selçuklu Melikleri Haçlı ordusuna saldırılar düzenlemiştir. Anlaşma şartlarına uyulmadığını düşünen Haçlılar başkent Konya’yı kuşatıp ele geçirmişlerdir. Hızlıca asıl hedef olan Levant’a ulaşmak isteyen Haçlılar bazı esirler almak şartıyla şehirden ayrılmışlardır. İmparator Göksu nehrinden geçerken atından düşerek boğularak ölmüştür ve bunun üzerine ordunun büyük bir kısmı Almanya’ya geri dönmüştür. III. Haçlı Seferi’yle Hristiyanlar yine Kudüs’ü alamamışlardır ve bu ilerdeki Haçlı Seferleri’nin ana motivasyonu olmaya devam edecektir.
 
1202 yılında Kudüs’ün Eyyübiler’den geri alınması hedefiyle başlayan ve Latin Hristiyanların oluşturduğu IV. Haçlı Seferi amacından sapmış ve 1204 yılında o dönemde dünyanın en zengin ve ihtişamlı şehirlerinden birisi olan Konstantinopolis, Haçlı orduları tarafından işgal edilip yağlanmıştır. Venedik ve Bizans arasındaki ticari rekabetten dolayı bu seferin düzenlenmesinde önemli bir rol oynayan Venediklilerin yönlendirmesi ve Katolik dünyasının Ortodoks Bizans’la olan husumeti olayların bu noktaya gelmesine sebep olmuştur. Haçlılar şehre girdikten sonra büyük bir katliam yapmış, eşi benzeri bulunmayan antik Roma eserlerini çalmış ve yok etmişlerdir. Hristiyan dünyasının en ünlü kilisesi Ayasofya’ya büyük hasar vermişlerdir. Bu olay Katolik ve Ortodoks kiliselerinin tamamen birbirinden ayrılmasına sebep olmuştur. Türk devletleri bu bölünmüşlüğü asırlar boyunca lehlerine kullanmışlardır. Konstantinopolis’in ele geçirilmesinden sonra Latinler “Partitio terrarum imperii Romaniae (Doğu Roma İmparatorluğu’nun topraklarının paylaşımı) isimli bir antlaşma imzalayarak Konstantinopolis merkezli Latin İmparatorluğu’nu kurmuşlar ve Bizans topraklarını aralarında paylaşmışlardır, ancak bazı Bizans soylularının çabalarıyla İznik Krallığı ve Trabzon Rum İmparatorluğu kurulmuştur. Bu antlaşma 1261 yılında İznik’te bulunan Bizanslıların İstanbul’u Latinlerden geri alıp Bizans İmparatorluğunu tekrar kurmasına kadar yürürlükte kalmıştır, ancak 4. Haçlı Seferinden sonra Bizans bir daha asla eski gücüne ulaşamamış, Balkanlarda ve Anadolu’daki kontrolünü kaybetmiştir. Elbette bu Selçukluların ve daha sonra da Osmanlı Beyliği’nin çok işine gelecek ve özellikle Batı Anadolu’nun Türkleşmesi ve Müslümanlaşması sürecini uzun vadede hızlandıracaktır [10].