Anadolu’da asıl nüfus değişimi 13. yüzyılda Moğol istilasından kaçan Türklerin Anadolu’ya girişidir. Azerbaycan, İran ve Maveraünnehir büyük oranda boşalmış, Moğollardan kaçan milyonlarca Türkmen Anadolu’ya göç etmiştir. Moğol istilası Anadolu’da büyük bir dehşete ve yıkıma sebep olmasına rağmen bir bakıma Anadolu’nun Türkleşmesi ve Müslümanlaşması daha da hızlanmış ve Türklerin demografik üstünlüğü perçinlenmiştir. 1243 yılında Kösedağ savaşında Moğollara karşı büyük bir hezimet yasayan Anadolu Selçuklu Devleti dağılma sürecine girmiş, Moğollar Anadolu’yu yakıp yıkmış ve büyük katliamlar yapmışlardır. Anadolu’da tüm düzen bozulmuş, merkezi siyasi iradenin yok olmasıyla ortaya çıkan otorite boşluğunu doldurmak için irili ufaklı birçok Türk beyliği kurulmuştur. Artan Moğol baskısı Bizans’a karşı batı ucuna doğru Türklerin yönelmesine sebep olmuştur. Türklerin Moğollardan kaçtığı gibi Bizanslılar da Türklerden kaçmışlar ve boşalan bu bölgelere ilk büyük Türk göçünde olduğu gibi Türkmenler dolmuşlardır. Anadolu’nun henüz fethedilmemiş/iskân edilmemiş batı, güney ve kuzey uçlarının fethi ve Türkleşmesi bu sürecin sonucunda olmuştur [11]. Orta Asya’da tarih sahnesine çıkan Türkler, binlerce yıl boyunca iklim ve coğrafi zorluklar nedeniyle atlı-göçebe bir yaşam tarzını benimsemişlerdir. Dünyanın en sert ve çorak coğrafyalarından biri olan Orta Asya bozkırlarında hayatta kalmak için hayvancılık yapan Türkler, at kullanımında ve savaşmakta ustalaşmıştır. Göktürk Devletinin dağılması sonucu görülen göç gibi, tarihin çeşitli dönemlerinde Orta Asya’daki iklim ve siyasi krizlerden dolayı bölgeden dört bir yana büyük göçler olmuştur. Göç ettikleri yere bu yaşam tarzını götüren Türkler, Selçuklu Devleti’nin kuruluş dönemi olan 935-1040 yılları arasında, bu yaşam tarzından faydalanarak Maveraünnehir gibi çok karışık bir bölgede güçlü devletlerle mücadele edip kendi devletlerini kurmuşlardır. Türkmenlerin göçebe kültürü göçtükleri yerlerdeki yerli halkla aralarında sıkıntılara neden olmuştur. Özellikle Maveraünnehir ve Mezopotamya gibi eski yerleşik bölgelerde yeni fethedilen topraklar, Türkmenler için ideal alanlar olarak görülmüş ancak tarım yapan yerli halkla problemlere yol açmıştır. Türkmenlerin yerleşik siyasi otoriteyle yasadığı sürtüşmelerin sebeplerinden birisi de İslam dinini Ortodoks Sünni İslam anlayışından farklı şekilde yorumlamaları ve yaşamalarıydı. Şehirlerdeki yerleşik nüfus, medreselerde eğitim görüp geleneksel İslami prensiplere bağlı bir Sünni Müslümanlık anlayışını benimsemiştir. Buna karşın, Türkmen kitleleri, İran ve Türk tasavvuf akımlarından oldukça etkilenmiş ve daha mistik bir İslam anlayışına sahip olmuşlardır. Bu heterodoks İslam anlayışı, binlerce yıllık Orta Asya inanç ve gelenekleriyle karışınca, Sünni İslam’dan önemli ölçüde farklılaşmıştır. Türkmenlerin göçebe yaşam tarzlarından dolayı medreselerden uzak kalması dini kavramları anlamalarını zorlaştırmış ve eski Türk gelenekleriyle harmanlanmış farklı bir İslam anlayışı ortaya çıkarmıştır. Göçebe Türkmen topluluklarına İslam’ın katı bir şekilde Türklerin törelerini, gelenek ve göreneklerini birçok yönden değiştirilecek şekilde dayatılması kitlelerde tepkiye sebep olmuştur. Devlet tarafından hissettikleri dışlanmışlıkla birleşen bu anlayış din motivasyonlu isyanlara zemin hazırlamıştır. Türk tarihi boyunca yerleşik Türk devlet otoritesiyle, devletlerin kurucu ana unsurunu oluşturmuş göçebe Türkmen kitleleri bu nedenlerle sıklıkla karşı karşıya gelmiştir. Türkmenler, Anadolu Selçuklular dönemi ve Osmanlı İmparatorluğu’nun klasik döneminde farklı nedenlerle birçok kez isyan etmişlerdir.
 
Babailer İsyanı, Vefaiyye tarikatına bağlı Baba İlyas Horasani ve müridi Baba İshak’ın 1240 yılında Anadolu Selçuklu Devleti topraklarında çıkardığı ve kısa sürede büyük Türkmen kitleleri tarafından desteklenmiş bir ayaklanmadır. Bu isyanın temel sebebi yukarda belirtildiği gibi Türkmenler ve Selçuklu iktidarı arasındaki siyasi ve din kaynaklı anlaşmazlıklardır. Türkiye Selçuklu Devleti kuruluş dönemi ve Haçlı Seferleri boyunca Türkmenleri yakınında tutarak sürekli bir askeri güç olarak değerlendirmiştir. Bu strateji, savaşlarla dolu dönemlerde devlete büyük avantajlar sağlamıştır. Haçlı Seferlerinin sona ermesi ve devletin yerleşik bir düzen kurma sürecine girmesiyle, yerleşik halk ile göçebe Türkmenler arasında çatışmalar yaşanmıştır. Dolayısıyla Büyük Selçuklu devletinin teşkilatlanmaya başladıktan sonra devletin kurucu unsuru Türkmenleri ikinci plana atması sonucu oluşan ikiliklerin aynısını Anadolu Selçuklu Devleti’nde görmekteyiz. Aynı zamanda devletin azalan otoritesinden faydalanarak başına buyruk hareket eden valilerin, yüksek vergilerle Türkmenleri ezmesi göçebe Türkmen kitlelerinde büyük bir memnuniyetsizlik yaratmaktaydı. O dönemde Moğollar ile Anadolu Selçuklular arasında doğal bir tampon oluşturan Harzemşahlar’ın Alaeddin Keykubat tarafından 1230 yılında Yassıçemen savaşında yenilmeleriyle dağılmaları sonucunda, Moğollardan kaçan Harzemşah Türkmenleri Anadolu’ya gelip yurt aramaya başlamışlar ve devlet bu kitleleri yönetmekte zorlanmıştır. Bu göçler daha önce de bahsedildiği gibi sadece Harzemşahlarla sınırlı değildir. Moğol istilası bütün Orta Asya ve İran’ı adete ezip geçerken Türkistan’dan Azerbaycan’a geniş bir coğrafyada yaşayan Türkmen kitlelerinin akın akın Anadolu’ya sığınmasına sebep olmuştur. Türkler, mallarını ve eşyalarını geride bırakmak zorunda kalmışlardır ve Anadolu’ya ulaştıklarında hem fiziksel hem de ekonomik olarak epey yıpranmış ve zarar görmüşlerdir. Ek olarak, Anadolu’ya geldiklerinde Anadolu, Malazgirt sonrası gelmiş büyük Türkmen kitleleriyle dolu vaziyettedir. Daha önce gelmiş Türkmenler kışlak ve yaylakları ele geçirdikleri için yeni gelenler için yeterli yaşam alanı yoktur. Bu nedenle, daha önceden yerleşmiş ve yeni gelen Türkmen grupları arasında kışlak ve yaylaklar için sürekli çatışmalar ve ekonomik zorluklar yaşanmıştır ve devlet bu sorunları çözmekte yetersiz kalmıştır. Selçuklu devletinin kurulusunda asli unsur olan Türkmenlerin bu şekilde devlet tarafından dışlanmaları, onları haklarını aramaya itmiştir. Selçuklu dönemindeki Babai İsyanı ve Osmanlı klasik döneminde gördüğümüz isyanların temeli buraya dayanmaktadır.
 
Baba İlyas Amasya’da yasayan, karizmatik ve kendisine bağlı sıkı bir kitlesi olan bir Türkmen babasıydı. Çevresinde ne kadar güçlü bir figür olarak görüldüğünü müritlerinden bazılarının onu bir peygamber olarak görmesinden ve büyük Türkmen kitlelerinin onu “Baba Resullullah” diye çağırmasından anlamaktayız. Takipçilerinden bazıları onun ölümsüz olduğunu düşünecek kadar fanatiklerdir. İsyan, Adıyaman Kefersud bölgesinde Baba İlyas’ın önde gelen müritlerinden biri olan Baba İshak tarafından başlatılmıştır. Baba İlyas, Türkmenlerin içinde yıllardır birikmiş devlete öfke ve kırgınlığı kullanmış ve aslında bardağı taşıran son damla olarak işlev görmüştür. Türkmenleri silahlandırarak topladığı güçle harekete gecen Baba İshak ve kuvvetleri, Malatya üzerine yürümüş ve Malatya subaşısı Alişiroğlu Muzaffereddin’i mağlup etmişlerdir. Daha sonra Elbistan ve Sivas’ı ele geçirip yağmalamışlar ve yönlerini Amasya’ya çevirmişlerdir. Babailerin kuvvetlerinin günden günde artması üzerine, Sultan II. Gıyaseddin Keyhüsrev, Kubadabad Adası’na çekilmiş ve komutanı Hacı Armağanşah’ı isyancıların üzerine Amasya’ya yollamıştır. Armağanşah Baba İlyas’ı Amasya Kalesi’nde kuşatmış ve yanındaki adamlarıyla birlikte asmıştır. Bölgeye ulasan Babai kuvvetleriyle savaşan Armağanşah yaşamını yitirmiştir. İsyanın giderek büyümesi ve Babailerin artık başkent Konya’yı tehdit edecek güce ulaşması üzerine Sultan’ın emriyle Gürcü, Rum, Ermeni askerleri ve Frank şövalyelerinin de bulunduğu bir birlik kurulmuş ve isyancılar Kırşehir’in Malya Ovası’nda mağlup edilmişlerdir. Bu savaşta çocuklar hariç isyancılar tamamen kılıçtan geçirilmiştir. Bu savaşta ordudaki zırhlı Frenk paralı askerlerinin etkisi önemlidir. İsyan Anadolu’yu kasıp kavurmuş, birçok şehir talan ve yağma edilmiş, devlet ve ordu yıpranmıştır.